دانشگاه ملایر در نظر دارد تمام دانشجویان پذیرفته شده را در خوابگاه های دانشگاه اسکان دهد. در همین راستا با داشتن 5 خوابگاه ملکی به تمامی دانشجویان جدیدالورود دوره روزانه به مدت 4 نیمسال تحصیلی خوابگاه دولتی ارائه می نماید. دانشجویان دوره شبانه و سایر دانشجویان نیز می توانند از 11 خوابگاه خودگردان تحت نظارت دانشگاه با قیمت مناسب استفاده نمایند.